Bilim insanları, Y kromozomunun dejenere olma sürecini inceledi ve gelecekteki durumu ile ilgili öngörülerde bulundu. Y kromozomu, erkekliğin sembolü olarak bilinse de, sadece güçlü ve dayanıklı olmanın ötesinde pek bir işlev taşımıyor gibi görünüyor. Bir embriyonun cinsiyetini belirleyen anahtar gen olan SRY'yi taşısa da, Y kromozomu diğer kromozomlara kıyasla çok az gen içerir ve yaşam için gerekli olmayan tek kromozomdur. Y kromozomu zamanla dejenere olarak, dişilerde X kromozomu, erkeklerde ise bir X ve daha zayıf bir Y kromozomu kalmıştır. Bilim insanları, bu dejenere olma sürecinin devam etmesi halinde Y kromozomunun tamamen yok olmasına sadece 4,6 milyon yıl olduğunu tahmin ediyorlar. Ancak, son araştırmalar Y kromozomunun bazı koruyucu mekanizmalara sahip olduğunu gösteriyor. Danimarka'da yapılan bir çalışma, Y kromozomunun gen amplifikasyonuna izin veren büyük yapısal değişikliklere eğilimli olduğunu ortaya koydu. Ayrıca, Y kromozomunun "palindrom" adı verilen özel yapılar geliştirdiği ve gen kaybını azaltan mekanizmalar geliştirdiği tespit edildi. Ancak bilim camiasında Y kromozomunun geleceği konusunda iki ayrı görüş bulunuyor. Bir grup, Y kromozomunun koruyucu mekanizmalar sayesinde varlığını sürdüreceğini savunurken, diğer grup, Y kromozomunun nihayetinde yok olacağını ve bu durumun doğurganlık sorunlarına neden olabileceğini iddia ediyor. Bu tartışma içerisinde, genetik mühendisliğinin Y kromozomunun işlevini değiştirerek kadın çiftlerin ya da kısır erkeklerin yardımlı üreme teknikleriyle gebe kalmasını mümkün kılacağı düşünülüyor. Ancak, bu tür müdahalelerin yaygınlaşması için daha fazla araştırma ve gelişme gerekeceği belirtiliyor. Sonuç olarak, bilim insanları Y kromozomunun geleceği konusunda henüz net bir tahminde bulunamıyorlar ve bu konudaki tartışmalar devam ediyor.